utf8_general_ci

• Быстрее, но при сортировке менее точен

utf8_unicode_ci

• Более правильный, поддерживает расширения, но медленнее
• Поддерживает expansions, то есть сопоставление одного символа нескольким (например — в Германии ß = ss )

Если сайт только на русском / английском, то utf8_general_ci — правильный выбор.